雨花石是产于南京地区的雨花台組地层中，作为观赏使用的，火山活动产生的富硅热液硅化交代长江及其支流汇集来的区域内各种岩石、矿物、金属元素、具图形图象的观赏石的砾卵石形成的硅化石。

雨花台組地层是新近纪（距今2300万年～258万年）河流沉积成因並遭受后期富硅火山热液作用发生硅化的砂砾岩层。
 

两条剖面区别在于上覆玄武岩的雨花台組砾石层中没有灰岩砾石，含较多的硅质岩砾石；上覆粘土的雨花台組砾石层中存在灰岩，而硅质較少。

 

六合地区所产作为园林石使用的37块卵砾石研究鉴定情况均为硅化交代岩。
 

雨花台組内的化石

江苏省及上海市区域地质志介绍玄武岩之下的砂砾层中存在奥尔良安其马、宽凹三趾马、双角鼻犀、乳齿象等等脊椎动物化石及植物化石。 

仪征市月瑭镇山镇乡上洼村雨花石采场二矿场的砂砾层里亦发現並经南京大学地球科学系古生物（脊椎动物）研究专家刘冠邦教授鉴定后确定三种哺乳动物（爪兽、乳齿象、犀牛）的化石。

雨花台組砾石层还产出一些和现代动植物相似的均由硅化形成的化石。这些动植物可能在形成雨花台組地层时已存在一直延续到今天。例和谢廷泽先生收藏的松果化石，池澄先生收藏的甲虫化石，李老師的田螺化石（2014年5月27日杨子晚报），研石收藏的柿子化石、鸟化石、和硅化木。

 

《远古的奇观》一书中总结出雨花台組砾石层中的化石雨花石种类有动物海绵、有孔虫类、珊瑚、节肢动物、鹦鹉螺、腹足类、双壳类、苔藓虫、海百合、海星、海胆、昆虫等；植物类有藻类及藻类形成的迭层石、蕨类植物輝木、芦木、鱗木的根茎叶及孢子囊，被子植物的叶。这些化石来自从寒武系—白垩系的古生界、中生界的各个系的地层群、組。经过古生物专业人员鉴定的化石雨花石的照片